Побережье озера Зюраткуль является уникальным археологическим объектом, сохранившим немало предметных свидетельств развития человеческой культуры на Южном Урале в эпоху мезолита и более позднее время (неолит, бронзовый век, эпоха железа).
Полученные здесь археологические данные имели исключительно важное значение для решения проблем этногенезиса и этногеографии на территории Евразии. Именно на примере массовых находок так называемых «геометрических микролитов» на мезолитических стоянках горных областей Южного Урала были впервые получены доказательства связи этнокультур Европы и Ближнего Востока (Матюшин, 1976). В 1968–69 гг. на берегах озера работала археологическая экспедиция академика Геральда Николаевича Матюшина. Были открыты мезолитические стоянки, всего было описано более восьми стоянок, которые оцениваются специалистами как наиболее типичные для стоянок приозерного типа и характеризуются хорошо сохранившимся культурным слоем.
Наиболее хорошо сохранилась одна из двух стоянок на мысе Долгий Ельник.
Археологические находки, обнаруженные среди остатков жилищ и мастерских по производству каменных орудий (эпоха неолита) свидетельствуют, что древние аборигены, населявшие побережье озера, усиленно занимались не только рыбной ловлей, охотой, но и обрабатывали почву.
Каменные орудия для земледелия изготавливались из яшмы, месторождения которой здесь нет. Следовательно, зюраткульцы доставляли яшму из Зауралья.
Археологи на основании находок предполагают, что озеро Зюраткуль в древние времена являлось своеобразной перевалочной базой на пути древних людей из Азии в Европу.
Зюраткуль активно обживался еще с глубокой древности. В конце 60-х годов ХХ века здесь были выявлены 12 памятников археологии. Все они относились к каменному веку - к эпохам мезолита и неолита (VIII–V тыс. до н. э.).
Памятники представляли собой кратковременные стоянки охотников и рыболовов. Они располагались либо при впадении в озеро небольших речек (стоянки Малый Кыл и Большой Кыл), либо на мысах, вдающихся в озеро (стоянки Песчаный мыс, Березовы мыс). Культурный слой стоянок достаточно беден. Основную массу находок на таких стоянках составляют глиняная посуда, каменные орудия труда, их обломки и отходы производства.
Выделяется стоянка Долгий Ельник II, на которой были выявлены остатки жилища. Стены его были укреплены камнями. Внутри находилось несколько очагов и крупные камни со сбитыми поверхностями, которые применялись как наковальни при изготовлении каменных орудий. Само жилище можно рассматривать как мастерскую по изготовлению каменных орудий.
В глубокой древности через Южный Урал была проложена старая Казанская дорога, пересекавшая Урал с запада на восток. Ей не менее 3000 лет. Этой дорогой (горными проходами) пользовались многие воинственные кочевые племена. С берегов Зюраткуля через тайгу, буреломы и болота дорога уходила к хребту Уреньга.
