На национальный парк «Зюраткуль» возложены задачи по охране, защите и воспроизводству лесов, расположенных на его территории. В этих целях, руководствуясь Правилами пожарной безопасности в лесах, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 30.06.2007 № 417 и Правилами санитарной безопасности в лесах, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 29.06.2007 № 414 национальный парк проводит санитарно-оздоровительные мероприятия:
1. Выборочные санитарные рубки и уборку захламленности в лесах. Эти рубки имеют цель уборки из насаждения ослабленных, усыхающих и сухостойных деревьев, которые могут стать источником распространения вредителей и болезней леса на другие деревья и насаждения, а также являются пожароопасными;
2. Рубки ухода за лесом: рубки ухода в молодняках, прореживание, рубки переформирования и рубки формирования ландшафта. Эти рубки являются выборочными и проводятся для того, чтобы сформировать насаждение оптимальное по составу пород, полноте (густоте), возрасту, устойчивое к рекреационным нагрузкам и для повышения его эстетической и оздоровительной ценности.
Древесина способом самозаготовки отпускается по договорам купли-продажи для собственных нужд граждан (отопления жилья, строительство и ремонт домов и хозяйственных построек) по установленным нормативам в соответствии с законом Челябинской области от 29.09.2007 № 204 ЗО, а также для нужд национального парка: отопление контор лесничеств, контрольно-информационных пунктов, визит-центров, гостевых домов и для разведения костров туристами на специально оборудованных для этого местах в соответствии с утвержденными нормативами.
Кроме того, национальным парком проводятся мероприятия по созданию лесной инфраструктуры: разрубка и расчистка квартальных просек, дорог лесохозяйственного назначения, установка квартальных столбов и информационных аншлагов.
Осуществляется противопожарное обустройство лесов, которое включает в себя: создание и ремонт минерализованных противопожарных полос, создание и реконструкцию дорог противопожарного назначения, устройство пожарных водоёмов и подъездов к источникам противопожарного водоснабжения, создание пунктов сосредоточения противопожарного инвентаря.
В своей деятельности национальный парк руководствуется Лесохозяйственным регламентом лесничества «Национальный парк «Зюраткуль», утверждённым Директором Департамента государственной политики и регулирования в сфере охраны окружающей среды и экологической безопасности Р.Р. Гизатулиным 17.03.2011 г. , разработанным на его основе Проектом освоения лесов, расположенных на землях национального парка «Зюраткуль», получившим положительное заключение государственной экспертизы от 20.03.2012 г. и Лесной декларацией от 04.04.2012 г.